如同先前在Crysis 2《孤岛危机2》开发机版本初玩心得的文章中所介绍的,奈米生化装设计有升级系统,透过击倒外星生物并从牠们身上取得Nano Catalyst后,便能进行生化装的升级,而能升级的项目也与开发机版本相同,玩家可将奈米生化衣变得更耐打、增加弹药携带的上量、增加电池电量等各种功能。
此外,武器的附加套件也能让玩家随时更换,依照当时的战况适时装上灭音器、内红点瞄准器等套件,而部份被装上/拆卸的套件会影响武器的能力,玩家可透过画面左方的武器分析表,来了解现在枪械的能力表现。
相较于开发机版本,市售版的流畅度与画质提升不少。
随装即用的武器套件系统,能让主角应付各种战况。
多人连线对战的部份支援到12位玩家游玩,玩家也可邀请六位好友组队后再搜寻游戏,而《孤岛危机2》是採用EA专用伺服器,因此在连线品质上比较不会出现速度不均的情况,就算你会LAG,在场的所有玩家也是会LAG。
武器、技能系统使用类似《决胜时刻》的升级方式,玩家除了要用人物的等级解锁武器,并用升级后所获得的钥匙来购买武器的使用权。多人连线对战的武器种类并不多,可分为突击步枪、狙击枪、冲锋枪、霰弹枪、重机枪等六大类,而每种枪也各自有不同的附加套件供玩家使用。值得一提的是,首批限量版会让玩家提前解开全息影像诱饵、突击步枪的数位迷彩,另外再赠送给玩家特殊白金狗牌,以及直接晋升到等级五的道具。
技能的部份就花俏了不少,每位单兵都能安装三个不同的技能,例如:加快冲刺时的速度、增加腰射时的稳定度、减少精确射击时的后座力等技能。玩家也必须使用护甲钥匙来购买这些技能的使用权,否则玩家无法将这些技能带到战场上做使用。值得一提的是,画面的右手边会有该技能的影片示范,让完全看不懂英文的玩家,能透过影片示范了解技能的功能为何。